mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAACGAGAGAGAGCACGC GTGCCCTCTCCCGTCGTCACC GGTGACAACGAGAGAGAGCACGCCGGAATGCGTTCATGCAGCGAGTGCCTGGAGGTGTTCGAGCGTGCCCTCTCCCGTCGTCACC 3 0 5' arm Physcomitrella_patens pmrd MIR535 7e-42 ppt-MIR535d 4e-43 -48.5 ((((((.(((.(((((.((((((..((((((.((((.(((.....))).)))).))))))..)))))).))))).))).)))))) (-48.50)