mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGTGCCAAGCTGTGTGCAAC TGTCACTGCTTGGCACAATC TGATTCCACCCCTTGGATGTCACTGCTTGGCACAATCCTCTTATTGTGAATTTCATGTCCTCTTTCGTGGTTAGTCGATAGAGTTGTACTACCTTTATTCATCCAGTGTTATAAATGTTTGTCCAGTGCTAGCTCTTCACTTGGGGATTGCACAACAGGGGGTTCGTGCCAAGCTGTGTGCAACCTAAGGGTGGTTTTA 2 2 3' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR536a 9e-111 -72 (((..((((((...((.((((((.(((((((((((((((((..(((((........((((((....((((.........(((((((((((((.(((((.(((...)))..))))).))......))))).))))))))))..))))))..))))).)))))))).))))))))).))).))).))...))))))..))) (-72.00)