mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCGTGCCAAGCTGTGTGCAAC TGCAGCGGTAGACTTGTCTGGCATCATTT GTCGGCAGTTTTCGTATTTCGCCGACTTCGGTGACTGCAGAAAGTCGAAACAGTAGAGAGCCTGTTGAATTGCAGCGGTAGACTTGTCTGGCATCATTTGGTAGTCGTCAAACTTATTCTCCCCGAGTTGTAGCGGAATGATACCAGAAATTCGTGCCAAGCTGTGTGCAACCAAGGGGTTTGTTACTTAAGATCCACATGGGAGGAGCGTCCCTACCAGCA 6 9 3' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR536b 2e-124 -65.4 .(((((...(((((((..((((((....)))))).))).)))))))))...(((((.((((((.(((..((((((((((.((....)).(((((..(((((((.((((..(((((.........)))))...)))).....))))))).....)))))..))))).))))).))).)))))).)))))...........(((.(((......))).)))... (-65.40)