mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCATGGAGTCTATGTCTGGA CAGACGTAGCCTTCATGCATG TTACAATGAGTTTGTGAGTCTCCATGCTGCTCTAACATTGCATGGAGTCTATGTCTGGAGTATTGTCCTTCATTCCCGTGCAAATGCTGAAGTAATGCAAGAATGTGAACATTGGGACTATTCCAGACGTAGCCTTCATGCATGTTAGAGTGATGTGGAAACCCGTGAACTACTTGTAA 1 1 5' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR538a 7e-99 -83.5 .(((((..((((..((.((.((((((..((((((((((.((((((((.((((((((((((((..(((((.(((((...((((..(((....))).)))).)))))........))))))))))))))))))).))))))))))))))))))..)))))).)).))..))))..))))). (-83.50)