mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCAATTTGGCCGAGTGGTTAAGGC TGACCGTGTGGCCCAATGGATAA CCCACCCTGAGCGGGGGGGTCTGATTGTGGTCGGTCGAGGGGCGCTGACCGTGTGGCCCAATGGATAAGGCGCTTGCCTACGGAGCAAGAGATTCTGGGTTCGATCCCCAGCATGGTCGTGGGTCGCCGGAATTGTAGATTGTGGCGCGTGTCAATTTGGCCGAGTGGTTAAGGCGGCAGACTCGAAATCTGCTGGGGTTTCCCCGCGCAGGTTCAAATCCTGCA 4 2 3' arm Physcomitrella_patens pmrd tRNA 7e-26 100 -94.1 .....((((.((((((((..((.(..(..(....(((((.(.(((((((((..(((((.(((.((((..(((((((((....).)))...((((((((...((((((((.....))....)))))))))))))).........))))).)))).))).)))))..)))))..)))).)...)))))...)..)).))..)))))))).))))............. (-94.10)