mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACGGGTCGTGATGGGCACT TGTCCATGACGATCTGTCAAC AAGTATTTACAAGGCTGGCAGTCGCATTGGGAATGTCCATGACGATCTGTCAACATTTCAGGTTATGTTGACGGGTCGTGATGGGCACTCTCACTGTCTCATGCTGATGATGATTCGTG 2 0 3' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR1033d 3e-63 -50 ................(((((..(((.(((((.(((((((.(((((((((((((((........))))))))))))))).))))))).))))).)))..).)))).((((....)))). (-50.00)