mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGGGCCGTAGCACTGTCTGA ACAGTGAACCGGTCTCTTT TTCTTCCTGAGCTGTTGGATTCGGGGCCGTAGCACTGTCTGAGAGGTTTACATTTCTCACAGTGAACCGGTCTCTTTTTCAGCTGCTTCCTGACT AAAATACCTTAGTGTCTTACTGTTAATAACTGCAGTCATGCAAGCAGCTATTTCAAAAAATCTGCTAGTTCTTAATTGCAATACTAGTAACTAATTATTTCAACTCTTAGCATACGTATAGGATAGTATATACAGTATAATACATACACTATAAAAACTTGAAAGAAATGGACCAAGAAATAGTGACGTTAGCAATGACAGGTTTATAGGCCCTGACTCTTTGATACGTAGCTGCTTTCATTCTTGGACTCTTTTGAAAAGTTTGCAGCTTCTCCTTATGTGCTTATATTTTACAATAATTGGCCTTCTTCCTGAGCTGTTGGATTCGGGGCCGTAGCACTGTCTGAGAGGTTTACATTTCTCACAGTGAACCGGTCTCTTTTTCAGCTGCTTCCTGACTTCTTTTTACTTCTTTTTGCTTTTTTGCTTTTTTTTTCTATGCTATATTAAGATACTAATATTTGTTTATATTTTCCATTGCCTATAATTACCTTTTAATTTTGCATCATACTCAGAAATAAGGATTTGAATTTAAGTAACAACCTTGGCTTCATACAATTTATCCTTAAAAATTCAAATTATCTGTTGCTTTCATTTCTTTTCCAAAGCATATTTGGATGCTTTTT 4 2 5' arm Mus_musculus mirnest mir-128 7e-33 age-mir-128 3e-41 -31.3 ........((((.((((((...(((((((...((((((..(((((((....)))))))))))))...)))))))...)))))).))))....... (-31.3)