mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAGTCTCTGACTTCTCGCAG GCGGGAAATCAGAGACAGTCG GATCCATTGTACTGATTCCGAAGGAGAAGACAGTCTCTGACTTCTCGCAGAGTGAGCCTGTTTCTGCAGTACTGGAACGATTGGTTGAGACCACTGGCACTAGGCAAAAACCTTGTTTCTGGTGACTTGGTCTGGGATCGTACAGAGCTGCAGAACGCTTGACATGCGGGAAATCAGAGACAGTCGCTTCCTTTGGTTTCTAATTGTCACCA 3 0 5' arm Physcomitrella_patens pmrd 100 ppt-MIR1065 2e-118 -92.7 .............((..(((((((((..(((.((((((((.((((((((...(((((....(((((((((.(((..((((((...(.((((((..((((((((((((.....))))..)))))).)))))))).))))))).))).))))))))).)))))...)))))))).)))))))).)))..)))))))))..))............ (-92.70)