mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTGCGGAAATGCTTTTGCT TGGAAACATTTCTGCACAAAC AGAACATTCTATGAATTTACTGGAAACATTTCTGCACAAACTAGATGTTGATGCCAGTGTGCGGAAATGCTTTTGCTACATTTGTAGGGTTTGC CGGGGCAACCAGATTATTCCTCACCATCTATATTCCAAAGAACATTCTATGAATTTACTGGAAACATTTCTGCACAAACTAGATGTTGATGCCAGTGTGCGGAAATGCTTTTGCTACATTTGTAGGGTTTGCCTGCATTCTTTGGATCCTGCATTAGCAAGTGAAGGTAGCACATATTTTAAAATAGTTTTCTGTGTTTATTGGTGTAAATTTCAATTTTACAGTTGAAATTTTATGTTTGTGATGCTTGGATATTTTCCTTGAAATGTATAAACATGTAAAAATTAGATTACTCCCTGTAATAAAATAATTCG 3 0 3' arm Mus_musculus mirnest mir-147 4e-16 mmu-mir-147 2e-32 -27.1 .((((...((((((((.((.(((((.((((((((((((...................)))))))))))).))))).)).)))))))).)))).. (-27.1)