mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGATTGAAGGGAGCTCCA GGAGCTCCCTTCAGTCCAACC GATGTGTTGGAGCTCCCTTCAGTCCAACCAAAGCTTGTGCAGCGGTGGTTCAGCTGCTGATTCATGCATTCTACTTCCCTGTCCGTGACTCTCCAGCAGCCTGAACAAATCAATCAATCGACCTGCATGACAGGATAGTGGTGTGCATGACGCAGGAGATGTACTGTCACTAAACACGCATTTCTTGGATTGAAGGGAGCTCCACTTATC 0 1 3' arm Pinus_taeda pmrd MIR159 0.00001 pta-MIR159a 3e-117 -92.72 ((((.((.(((((((((((((((((((..((.((.(((..((.((..((.((.((.(((..((((((((.(((((..((((((..((......))((((..(((.............)))..))))..))))))..))))).))))))))..))).)).)).))..)).))..))).)).))..))))))))))))))))))))).)))) (-92.72)