mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCCC GAGCTGATTTTGTCCAGGA GATGTGTGAATGATGCGGGAGCTGATTTTGTCCAGGAAATGTCTTTTCCTTGGATTGAAGGGAGCTCCCTTATGTAGCATACATT 3 2 3' arm Pinus_taeda pmrd MIR159 0.00007 pta-MIR159c 4e-43 -34.8 ((((((((....(((.(((((((..(((.((((((((((.....))))).))))).)))...))))))).)))....)))))))) (-34.80)