mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCGGACCAGGCTTCATCCCAG GGGGGATGCTGAGGTGTTGGAT ACCAATCGAATCCGGACCAGGCTTCATCCCAGGCATCTGGACCCAATCGACAGCAGCTCCTTTAGCCTTTGAAAGGAACTCTGTCAAGGTCTCCTCTGCTATAGACAGGAGTCCAGCGGGGCTAGCATCTCTTGGGGGATGCTGAGGTGTTGGATTATGTTGGT 2 3 5' arm Pinus_taeda pmrd 100 pta-MIR166c 6e-90 -66.3 ((((((..((((((((((.(((.((.(((((((.((((((.(((....(((((.((.((((((........)))))).)))))))..((.(((((...(....)..))))).))...))).)))).))..))))))))).)))..))).)))))))..)))))) (-66.30)