mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGACGAGTCCATATC TCTGTTATTGTTCTCGATACACA TGTGATTGAGACGAGTCCATATCTTCTTCAGGCGAAGCCTCCACCACTCCAAAAGAACTGAATGCAGGTTTCCGATGCATCAATCTCAGTGCACTAGACAATATCATGTTGGAGGGTACAGACAGTGCCGCCATGTTTGGATGGAGGAGACCCAGGTCTGTTATTGTTCTCGATACACA 4 2 5' arm Pinus_taeda pmrd 100 pta-MIR171 7e-99 -51.5 .(((((((((((((...((.((((.((((....)))).((((.(((.((((((.(.((((((((((.........))))).....))))).).................(((..(((((.....))))).)))..))))))))).))))....)))).))...))).))))))).))). (-51.50)