mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCC AGCTCCCTTCAATCCAAGA GATAAGTGGAGCTCCCTTCAATCCAAGAAATGCGTGTTTAGTGACAGTACATCTCCTGCGTCATGCACACCACTATCCTGTCATGCAGGTCGATTGATTGATTTGTTCAGGCTGCTGGAGAGTCACGGACAGGGAAGTAGAATGCATGAATCAGCAGCTGAACCACCGCTGCACAAGCTTTGGTTGGACTGAAGGGAGCTCCAACA 1 0 3' arm Pinus_taeda pmrd MIR159 0.00001 pta-MIR319 7e-115 -87 ......((((((((((((((.(((((..((.((.(((.(((((...((...((..((((.(((((((..(.(((.(((((((..(((((((((....)))))))))...((((.......))))...))))))).))).)..)))))))....))))..))))...))))).))).)).))..))))).))))))))))))))... (-87.00)