mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTT GTTCAAGAAAACTGTGGGAAA GAATCTTGTCATACTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTTACGTGTACGGGACGAGGAGATTCTGATTTCTACGTCTGCGATTAAAGTTCAAGAAAACTGTGGGAAAGCATGGTAGGATTC 1 0 5' arm Pinus_taeda pmrd MIR396 5e-53 pta-MIR396 3e-63 -59.1 (((((((..(((.(((((((((((.((((((((((((((..(((...(((((.((((((....)))))).))))))))..)))))))))))))).))))))))))).)))..))))))) (-59.10)