mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCTACTCCTCCCATTCC TGTGGAAGGATAGGGTAAGACT GAGGTGTGGAAGGATAGGGTAAGACTAAGGTTAAGGAGAAACTCTGCTTCATTAATTCTCTGCTCCAGTCTTCCCTACTCCTCCCATTCCTT 2 2 3' arm Pinus_taeda pmrd 100 pta-MIR482a 3e-47 -35.86 ((((.((((.(((((((((.((((((..((....((((((...............))))))...))))))))))))).)))).)))).)))) (-35.86)