mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCTACTCCTCCCATTCC TGTGGAAGGATAGGGTAAGACT GAGGTGTGGAAGGATAGGGTAAGACTAGGGTTAAGCAGAAACTCTGCTTCATTAATTCTCTGCTCCAGTCTTCCCTACTCCTCCCATTCCTT 2 2 3' arm Pinus_taeda pmrd 100 pta-MIR482b 3e-47 -39.82 ((((.((((.(((((((((.((((((.((((.((((((.....))))))............)))).))))))))))).)))).)))).)))) (-39.82)