mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCCTTCTCCTATCCACAA GTGGATATGGAAGGGTTAGT CAGAGTGTATGGATGTGGATATGGAAGGGTTAGTAAACAGTACAAAACCCATTTAATAGAGATTCCATCGGAGCATCATTGTTGGCTGTTAGATCAAGCAACTGTATTTTGATGGCCACACTCATTGAATGGGTTGCTTGTTTTGCTTTTAACCAGCCCTTTTTCTATCCAACTGCCTGTATTTTGATGGCCATGCTCATTAAATGGGTTACCTGTTAGCTATTCACCAGCCCTTCTCCTATCCACAACTGTACTAGTTTG 4 1 3' arm Pinus_taeda pmrd 100 pta-MIR946b 1e-147 -89.01 ((((.(((((((.((((((((.((((((((((((.(((((.....((((((((((((.(((...(((((((((((.....(((((....((((.(((((((((....((..((((......))))..))..)))))))))....(((.......)))......)))).)))))....)))..)))))))).....)))))))))))))))..))))).)))).......))))))).).)))))))).)))))).).)))) (-89.01)