mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCGGAATCTGTTACTGTTTC CGCAGCAGCAGATTCTGATAGA ACGCCTAAGGCGCAGCAGCAGATTCTGATAGAAGACTCAGGCAAAGCATTTGTTGTTGGCAGGTTGAATGCTTTCGGCAGAACCACCAATAACAAGGGGGGCGCCTGGTGTCTTGCATCGGAATCTGTTACTGTTTCCTAGGCGT 3 0 3' arm Pinus_taeda pmrd 100 pta-MIR947 1e-78 -72.6 (((((((.((.((((.(((((((((((((..(((((((((((...((.(((((((((((..((((...(((.....))).)))).)))))))))))....)))))))).)))))..))))))))))))).)))).)).))))))) (-72.60)