mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCCGGGAATCCAATGCGCC TGTATTGATTTCCGGGGAAG AGAGCCTCTCCGGGAATCCAATGCGCCTTCCTCTTGAACGCCTTTCAACGCGCGTGCTGTGCGTGAAAACGCGTTTAGGAGGAAGGTGTATTGATTTCCGGGGAAGCCCT 0 1 5' arm Pinus_taeda pmrd 100 pta-MIR949 6e-58 -70.8 ((.((.((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((.(((((.....))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))).)).)) (-70.80)