mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGAGTTTTGCCAGTTCCGCC CGGGCTGGCATAACTCCGCCC GTAGGAACAGGCGGGCTGGCATAACTCCGCCCATATTTTACTGTCAGAGATGGTCAGAGTTTTGCCAGTTCCGCCCATTCCTACTG 3 1 3' arm Pinus_taeda pmrd 100 pta-MIR1311 1e-43 -44 (((((((..((((((((((((.(((((.(.((((.((((......)))))))).).))))).)))))).))))))..))))))).. (-44.00)