mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCAC GCCCACCCTCTATCTGTCACC GTAAGTGAGTTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGGGTACTTTCTTGCATGACGTTCATGCTTGAAGCTTTGCGTGCCCACCCTCTATCTGTCACCCCATCA 2 1 5' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-156 3e-29 ptc-MIR156d 1e-52 -43.3 ....(((.(.(((((((((((.(((.((((.((((((...(((..(((((.....)))))..))))))))).)))).))).)))).))))))).).))).. (-43.30)