mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATAGA GATTAGGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAGGTTCTTGCTGGGTAGATTAAGCTGCTAAGCTATGGATCCACAGTCCTATCTATCAACTGAAGGATAGGTTTGCGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTATTGCCTAATGTTAGATCCCTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTAAACCCATAA 2 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR159 1e-97 ptc-MIR159a 3e-101 -79.3 .....(((..(((((((((((..(((((((.(((((.(((.(((((((((...(((((.((.((.((((.(.((.(((.(((((((.((....)).))))))).))).))..).)))).)).)).)))))..)))))))..)).)))..))))))))))))..)))))))))))..))).... (-79.30)