mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTTTCTTTGGTTCAAAAT TTGTAAATTTGGGAGCTTTCTTTGGTTCAAAATGAGGAAAGAAAGTGGGTATACTCGTCTGCTTGTTCATGGATACCTCTGGGTTGCGCAGGATATATTAGTTAGGGCTACAGCTTAAGGGTTTGCATGGCCAAGGAGACGTTGCCTGCCTTCTCCTTTCGTTTCTTGGATTGAAGGGAGCTCCTACATGTATC 5 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR159 2e-106 ptc-MIR159d 9e-108 -81.8 .........((((((((..(((..(((((((((((((..((((.(..((((....(((((.((((..((((.(.(((..(((((((.((..(((......)))...))..)))))))..))).).))))..)))).))))).))))..).))))..)))))))..))))))..)))..))))))))........ (-81.80)