mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA CATGTGCCTGTCTTCCTCATC GTGAGCAAGATGGAGAAGCAGGGCACGTGCACTACTAACTCATGCACACAGAGAGGGAGACGCATTTCTTGCTGGAGTTACGAGTTACGACTCTTACCTACTATTGATTTTGTTAGCTCCAGTGAGTTAGTTATTCATGTGCCTGTCTTCCTCATCATGATC 6 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR164 4e-79 ptc-MIR164b 9e-89 -57.7 .....((.((((..((((..(((((((((....((((((((........(((((((....).).))))).((((((((((.((((....)))).......(....).......))))))))))))))))))....)))))))))..))))..)))).))... (-57.70)