mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG TTTCTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTCACTAATGGGATCTATGATTTTATCTCAATTGATTGATTTTCTTTTAAATTCTAGTAAATTGAATTGAGAGATATCATGATCAACTTATATTTAATGATGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTGTT 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-166 3e-83 ptc-MIR166a 6e-90 -56.5 ...(..(((.((((((((..((((((..(((.((((..((((.((((.(((((....(((((((...(..((((.((..........)).))))..))))))))...)))))))))......))))...)))).)))..))))))..)))))))).)))..).. (-56.50)