mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG CTTTTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGACTCTTTCTTGATCAGTCTGATCAAGTGTTCTATCTTTAGATCTAATATCTTAGATCATGTGTTAGGGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTATT 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-166 1e-63 ptc-MIR166c 2e-67 -57.8 ......(((.((((((((..((((((..(((.((((((..(((((((.....))))))).............(((((((....))))))).......)))))).)))..))))))..)))))))).)))..... (-57.80)