mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGGCTGGCTCGAAG CGTGAGTTGAGGGGAATGTTGGCTGGCTCGAAGCTTAAGCAAAGAGTTTTCTCTCAAGAAACAACTGTTAAGGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAACCAAT 5 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-166 2e-48 ptc-MIR166d 6e-55 -52.3 ..((.(((((((((((((..(.((((..((((((((.((((....(((((.......)))))...)))).))))))))..)))).)..))))))))))))))).. (-52.30)