mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTTTGGTTCAAGG TGTCTTTTGAGGGGAATGTTGTTTGGTTCAAGGCCTGGCCACCCCATGTCTTGGAATTTAAAATATCATGTCCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAATTACT 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-166 4e-47 ptc-MIR166i 9e-54 -40.46 .((...((((((((((((..(((((((((.((((.(((.....))).)))).(((...............)))..)))))))))..))))))))))))..)). (-40.46)