mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG TCTTTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGACTTTTTGTTCATCAATCTAATCGAACTTTCTACCTGTAGATCTAGTATCTTATTTAAGATTGATCACGTATTAGGGTTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCATT 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-166 7e-71 ptc-MIR166k 2e-77 -50.9 ......(((.((((((((..((((((..(((.((((((.(((..((((((((((..(((((.((((....))))...))).))....)).)))))))).)))....)))))).)))..))))))..)))))))).)))..... (-50.90)