mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCTT GGAATGAAGTTTGATCCAAGA AAGGGGTGTTTGGAATGAAGTTTGATCCAAGATCCTTGTCTCTCCCGTTCATTTAGTAATGTTACTGCTAGGTTTCGCTATGTATTGATCAGTGTATACACAGCAGCTACGAGCTAGGCCTTGTGTTTCAGATTTTAGCTTCAATATAGAGTGAGCACTAGTGATAGAGTTTGATTCAAGATCCATCTCATGTGTGCTAGCTAGCTTTTAAATTTTTAATCAGATCCCTACTTCCTGTTAATTCTTAGGTTTTATCTTGCAAGTTATTATATTTAGTAAACATCATGAACTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTTACACCGAA 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-166 1e-179 ptc-MIR166o 0 -86.8 ....(((((..(((((((((((((.(((.(((((((((((.(((..((.((((....))))..)).(((((..((((((.((((((((...(((....)))..........(((((((..(((.....)))..))))))))))))))).))))))..)))))....)))...))..)))).......(((((..(((.((.(((..(((((....(((((..((........))..)))))...)))))..))).)).)))..((((((....))))))....)))))...))))).))).)))))))))))))..)))))... (-86.80)