mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCAAGTTGTCCATGGCTACA AAGTGGTATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGACTTAACTGATCTGTATAAATTAATGCATGTGTAGTCAAAATTACTACTACTATATATTAATCTGATCTGTGACCACAAATTAACTAACTACTAGCTAGTAATTAGTTGGCAAGTTGTCCATGGCTACATGCTGC 4 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_2 3e-89 ptc-MIR169a 2e-90 -55.8 ..(..(((((.(((((.(((..(((((((((((..((((....(((...(((((((.(((((((((.......))))).)).)).))))))).((((.(((....))).))))......)))....))))....)))))))))))..))).))))).)))))..) (-55.80)