mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCAGGTTGTTCTTGGCTACA AAGATTGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGACGACTCGTTTTTGCTTTCATCAATATACGCATAATTAAGAAGAGATGAATCCGTTGGCAGGTTGTTCTTGGCTACATTTTTC 3 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_2 2e-58 ptc-MIR169b 1e-59 -46.85 ..((..((((.(((((((((..(((((((((((..((((((((.(((....................))).))))))))...)))))))))))..))))))))).))))..)) (-46.85)