mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGCTGTCCTTGGCTATG TATCGTGGCGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCAAGCTCCTCACACGTATTTTGTTTCGAGTTTCATTGATGGCATTGCTAGATAGATATATATGATTTCGTAATTCAAACTTTTGGGCCATTGTCTGGTTGAAATGATCGGCAAGCTGTCCTTGGCTATGTCTCTA 4 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_2 7e-90 ptc-MIR169e 4e-91 -52.8 ....(.((((.((((((((((..(((((((...(((((...(((.......)))...)))))(((((.....((..(((((((((.....((((....))))..((((....))))....))))))))))).))))).)))))))..)))))))))).)))).).. (-52.80)