mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTTGCCCTTGGCTACA GAGTGTAATTCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCAGCACGGGATCTCAGAGCTTAATAACTAGAAGATCAAGGCTGTCATTACTTTTCCGGCCGGCAAGTTGCCCTTGGCTACATTGTAC 3 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_2 2e-61 ptc-MIR169h 1e-62 -46.76 ..(((((((..((((((((..((((((((((((((.(..(((((...((........))...)))))..))))...............)))))))))))..))))))))..))))))) (-46.76)