mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGC TCTTGTTTGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGCTACTTGCAAGAGTTTCTGCAAAGAGATCAGAACCAAATATGCATGGAATTATATGTAATGAAACTCTTGTTTGATTGCCAGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGACA 0 2 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_5 1e-72 ptc-MIR169j 6e-74 -53.1 ...((((...((((((((((.((((.((((((..(..(((((((((((......(....)...........((((((......))))))..)))))))))))..)...).)))))))))))))))))))....)))) (-53.10)