mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAAG TCTTGTTTGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGCTACATACAAGAGATCATTATGCATAAATAGAACGAAATATGTACATGGTATTAATTAATGCAGTGAAAACTCTTGTTTGGTTGCCAGGCAGTCTCCTTGGCTAAGCTGACA 0 2 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_5 3e-76 ptc-MIR169l 2e-77 -50.8 ...((((...((((((((((.((((.((((((..((.(((((((.......((((((............))))))(((.(((((....))))).)))....))))))).))...).)))))))))))))))))))....)))) (-50.80)