mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGACGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGG TCTTGTTAGTTAGCCAAGGACGACTTGCCTGTTCCTAGCAATTTGGGATTTGCCCTGGACTAAGAGGCAGGACCCTCATTCCGGGTTTCAGGCAGTCTCCTTGGCTAGGTTGACA 0 2 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_5 1e-59 ptc-MIR169q 7e-61 -54.9 ...(((((.(((((((((((.((((.(((((..((..(.(((..(((.((((((((......)).)))))).)))..))))..))...)))))))))))))))))))).).)))) (-54.90)