mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGCCAAGGATGACTTGCCG GCAAGCTGTCCTTGGCTACAT AGAGTGTGATTCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCAGCAGGTAAGAGCAAAGCTCCGTTTTTGGAAGTTCAAGGATATCTTAACTTTTCCGGCCGGCAAGCTGTCCTTGGCTACATTGTACT 4 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_2 1e-62 ptc-MIR169s 8e-64 -53.7 ..((((..((..((((((((((..(((((((((....((.(((((..(((....((((((((....))))))))..)))..))))))).)))))))))..))))))))))..))..)))) (-53.70)