mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCCAAGAATGACTTGCCGG GCCAGGTTGTTCTTGGCTCTA CTAGAGTCCGAGCCAAGAATGACTTGCCGGCAGGCTAGCATTTGCTAGCTACAGGGCAAGATGTATGCTAAAGTGACATTCCGCCAGGTTGTTCTTGGCTCTACTTTG 3 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR169_2 2e-55 ptc-MIR169t 1e-56 -47.8 .((((((..((((((((((..(((((.(((..(((((((....)))))))....((((.......))))...........))).)))))..)))))))))).)))))) (-47.80)