mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGGCAGAGCTCAATCAAA GTGGAAATTTGATGTTGGCAGAGCTCAATCAAATCAAAGCACTCAATGGTTGGGTTCTTTCATCTGATTGAGCCGTGCCAATATCGCATTAAAT 2 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR171_1 1e-37 ptc-MIR171e 2e-48 -38.3 .....(((.(((((((((((..(((((((((.((.((((.(((((.....))))).)))).)).)))))))))..))))))))))).))).... (-38.30)