mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGGCCCGGTTCACTCAGA GTGTCATTGCGATGTTGGCCCGGTTCACTCAGAGAAAAGACACCATTTTTTTTCAAGAAGATCATCAAAGCTTGAAAGAATAATGGTGGTCGGTCGTCTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCTTAGTGCTC 2 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR171_1 3e-54 ptc-MIR171f 2e-55 -59.5 ..(.(((((.(((((((((.(((((((.(((((((...(((((((((((((((((((..(.....)....)))))))))).)))))).))).....))))))).))))))).))))))))).)))))).. (-59.50)