mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGGGATGGCTCAATCATA GAAAGTGGGGGATGTTGGGATGGCTCAATCATATCAAATCTCCCAAACTATGATGTTGGGTCGTTTAATCTGATTGAGCCGTGCCAATATCACACTAACT 1 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR171_1 1e-34 ptc-MIR171h 5e-52 -46.6 ...((((...((((((((.((((((((((((.((.((((..(((((.(......))))))..)))).)).)))))))))))).)))))))).)))).... (-46.60)