mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGATTGAGCCGCGCCAATACT ATATTGGCACAGTTCATCCTC CTAACTCAAGATATTGGCACAGTTCATCCTCACAGTGGCCTTGATGAATGATTCAAATCTATGGTTGGATTGAGCCGCGCCAATACTGTGTGCCA 2 2 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR171_1 9e-48 ptc-MIR171j 5e-49 -26.9 ...((...((.(((((((.(.((((((((..((.((((..((((........))))..)))).)).))).))))).).)))))))))..)).... (-26.90)