mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT GCAGCATCATCAAGATTCACA TTGTTTGCAGGTGCAGCATCATCAAGATTCACATTCAAATAGATGTACCGAAGCTATACAGCTATGTAGCTAGCTAGCAATGTATAATCATTGTAGGTGAGAATCTTGATGATGCTGCATCAGCCATAA 1 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-172 6e-68 ptc-MIR172a 3e-69 -54.3 ......((.(((((((((((((((((((((.((((......))))((((..(((((((......))))))).....((((((......)))))).)))).))))))))))))))))))))).))..... (-54.30)