mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATCTTGATGATGCTGCAT GCGGCAGCATCAAGATTCACA ATATTGGCCGATGCGGCAGCATCAAGATTCACAAACTTTAAGGCTTGAGTTGGGGTGGTACACGGTCACCTCCTTTACTCGAAAGGTTCCTTAATTTCTGATGGGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCAAATA 2 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-172 3e-70 ptc-MIR172e 1e-71 -59.9 .((((.((((((((((((.(((((((((((.((....((((((.((((((..(((.(((........))).)))..))))))......)))))).......)).))))))))))).)))))))))))).)))) (-59.90)