mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATCTTGATGATGCTGCAG GGAGCATCATCAAGATTCACA CTGTTTGCCTATGGAGCATCATCAAGATTCACAAGCTTTATTAGGGCTAGTGTGTGGTGATGATGGTGGCTTTTGGTGGTCCCTTTTTTTCAATCCAATAGCCCTTTGAATTGGGAATCTTGATGATGCTGCAGCGGCAATAA 3 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd mir-172 1e-63 ptc-MIR172g 6e-65 -60 ....(((((..((.((((((((((((((((.(((..((((..(((((((.....((((((.((.((.((((......))))))...)).)))..))).))))))).))))))).)))))))))))))))).))..)))))... (-60.00)