mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCT AGAGCTTCTTTCAGCCCACTC TAATCGTGGGAGAGAGCTTCTTTCAGCCCACTCGTGGATAGGACAAAGGGGTTGAACTAGCTGCCGACTCATTCATTCAAGCACTAGTAGAAAAAAAGGCGAACGGTGTTTCTTTTGCTACTGTGATTGTGTGAATGATGCGGGAGATAATTTTCCATCCTCTCCTTTTCTGTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTCCTTCTCT 2 1 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR159 2e-99 ptc-MIR319g 3e-101 -80.5 .......(((((.(((((((((((((.(((..((..((.((((....(((((.(((....((.(((..((((((((.(((.(((.(((((.((((.(((((.....))))).)))).)))))))).))).))))))))..))).))......))).))))).))))..))..))..))).))))))))))))))))))...... (-80.50)