mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG GGAGCGGCCTTGGGTCACATG AGGGTTCCGACAGGAGCGGCCTTGGGTCACATGTGGCGGCATCCAATGTACTTCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCCGGGCTTC 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR398 7e-42 ptc-MIR398b 4e-43 -39 .((((.(((.((((.(((((((.((..((((((.((..((((...)))).)).))))))..)).))))))).)))).))))))). (-39.00)