mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG GGAGCGACCTGAAATCACATG AGGATTCCTACAGGAGCGACCTGAAATCACATGTGGGCTGCACCCTCCTGGGTTATCTTGAGCAACATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCCGGGCTTT 4 0 3' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR398 1e-16 ptc-MIR398c 3e-50 -44.3 .....(((..((((.(((((((((...(((((((..(((.(((((....))))......)))).)))))))...))))))))).))))..))).... (-44.30)